男性非淋菌性尿道炎如果伴随着出现一些并发症，则上述尿道部位的症状一般都表现较为明显，持续的时间也可能会延长，病情较单纯性非淋菌性尿道炎重。

        常见并发症如下：

        1．附睾炎 单侧或双侧附睾疼痛、肿胀，检查时可触及患病的附睾肿大、变硬、触痛，有时同侧精索受累时出现疼痛肿胀等精索炎表现。

        2．睾丸炎 常与附睾或精索的炎症一起发生，表现为一侧或双侧睾丸疼痛肿胀，阴囊下坠胀痛不适等，检查患侧睾丸肿大、质硬、触痛。严重者阴囊也出现水肿。患者可有全身发热等全身症状。有时睾丸炎症消退后睾丸肿胀仍还持续2～3个月。

        3．前列腺炎 常是一种急性或亚急性状态，表现为后尿道、会阴部、肛门部位等区域钝痛或坠胀，这种钝痛感有时还会涉及到阴囊、大腿根部，甚至还会影响到腰背部。除此之外，在原来非淋菌性尿道炎出现一系列尿道部位症状的基础上，加上前列腺炎症充血，使得尿频、尿急、尿痛、排尿困难及尿道分泌物增多等症状更为明显。如作肛门指检前列腺检查可发现前列腺有一定程度的肿胀与触痛。

        4．Reiter综合征　表现为关节炎、结膜炎、尿道炎三联征。发生率约为1％～2％。男性多见，女性少见。常发生于HLA—B27抗原阳性者。在患者的关节液中可检测到衣原体和衣原体DNA，但从病变关节中分离解脲支原体不是很成功。

        5．尿道结石　有研究表明在感染性结石病人的尿及结石中较代谢性结石病人这些标本中更常发现解脲支原体。

        6．不育　虽然有研究表明解脲支原体可减低精子的运动力和数目，并和精子的异常外观有关；在不育的配偶的生殖器标本更常分离到解脲支原体等，但目前尚无充分的证据表明解脲支原体是男性不育的重要原因。

        7．其他包括眼结膜炎、虹膜炎、直肠炎等。中耳炎、肺炎及肝脏周围炎等相对较少，如发生则出现相关疾病的表现。